BioMCP: Biomedical Model Context Protocol
Обеспечивает AI-агентам доступ к биомедицинским базам данных для поиска по литературе, клиническим испытаниям и геномным вариантам.
Описание
BioMCP — открытый toolkit на основе Model Context Protocol (MCP) для интеграции AI-систем с авторитетными биомедицинскими источниками, такими как PubMed, ClinicalTrials.gov, MyVariant.info и cBioPortal. Ключевые особенности: естественные языковые запросы, структурированный поиск по генам, заболеваниям и вариантам; инструменты для последовательного мышления (think), поиска (search) и получения деталей (fetch). Применения: биомедицинские исследования, анализ клинических данных, разработка AI-ассистентов для медицины. Поддерживает CLI, HTTP и Docker для развертывания.
Возможности
Поиск литературы
Запросы по PubMed, bioRxiv и Europe PMC с аннотациями сущностей и поддержкой ключевых слов.
Поиск клинических испытаний
Доступ к ClinicalTrials.gov и NCI API с фильтрами по фазам, статусам, биомаркерам и синонимам заболеваний.
Анализ геномных вариантов
Поиск и получение деталей из MyVariant.info, TCGA, 1000 Genomes с данными о частотах и значимости.
Интеграция с cBioPortal
Автоматическое включение данных о мутациях в раке при поиске по генам и вариантам.
Инструмент мышления (think)
Последовательный разбор сложных задач для планирования многошаговых исследований.
Получение полных деталей (fetch)
Извлечение полного текста статей, протоколов trials и аннотаций вариантов.
CLI-интерфейс
Прямой доступ к инструментам через командную строку для поиска и получения данных.