OpenMM MCP Server
Сервер для молекулярных динамических симуляций с OpenMM и DFT-расчётов Abacus через естественный язык.
Описание
Это MCP-сервер на Python для симуляций молекулярной динамики с полной интеграцией OpenMM (интеграторы, баростаты, ограничения) и DFT-расчётов Abacus. Поддерживает GPU-ускорение (CUDA/OpenCL), продвинутые методы (метадинамика, свободная энергия), шаблоны для белков и мембран, асинхронное управление задачами. Интерфейс на естественном языке для LLM. Применения: биохимия, материаловедение, фармацевтика для моделирования молекул и белков.
Возможности
Интеграция OpenMM
Полная поддержка функций OpenMM: продвинутые интеграторы, баростаты, ограничения и методы невалентных взаимодействий.
DFT-расчёты с Abacus
Интеграция движка Abacus для квантово-механических расчётов.
Шаблоны симуляций
Готовые настройки для симуляций белков, мембранных систем и других.
Продвинутые методы
Метадинамика, расчёты свободной энергии и улучшенное семплирование.
GPU-ускорение
Поддержка CUDA и OpenCL для высокопроизводительных вычислений.
Управление задачами
Асинхронное выполнение, мониторинг и хранение результатов задач.
Естественный язык интерфейс
Взаимодействие с симуляциями через простые команды на английском для LLM.
Установка
# Клонирование репозитория
git clone <repository_url>
cd openmm-mcp-server
# Установка зависимостей
pip install -r requirements.txt
# Опционально: Установка OpenMM для реальных симуляций
conda install -c conda-forge openmm
# Тестирование установки
python test_mcp_server.py
Интеграция с Roo Code/Claude MCP:
{
"mcpServers": {
"openmm-server": {
"command": "python",
"args": ["run_openmm_server.py"],
"cwd": "path-to\\openmm-mcp-server",
"alwaysAllow": [
"create_md_simulation",
"create_advanced_md_simulation",
"setup_protein_simulation",
"setup_membrane_simulation",
"create_dft_calculation",
"control_simulation",
"get_task_status",
"list_all_tasks",
"analyze_results"
]
}
}
}
Важно: Замените путь на актуальный!